中国信息经济学会的分支机构目前包括12个专业委员会、1个研究院和2个工作委员会：基础理论专业委员会、信息管理专业委员会、电子商务专业委员会、金融科技专业委员会、产业数字经济专业委员会、互联网经济与跨境电商专业委员会、智慧医疗与服务创新专业委员会、智慧商务专业委员会、人工智能与变革管理专业委员会、数字经济创新专业委员会、高校实践教学研究与创新专业委员会、平台管理专业委员会、数字经济与产业研究院、青年工作委员会和教育教学工作委员会。